El museo está formado por un vestíbulo donde se introduce al visitante en la historia, la investigación y el significado simbólico del yacimiento y sus piezas emblemáticas. A continuación se siguen tres salas temáticas: la sala Iberia dedicada a la cultura Ibérica, con una magnífica colección de vasos y esculturas que complementan las ya vistas en el Centro de Interpretación; la sala Hispania, con mosaicos, materiales y fondos alusivos a la cultura romana; y la sala Spania, dedicada al obispado de Ilici y al tránsito entre la Antigüedad Tardía y la Alta Edad Media.