Es el municipio más joven de la provincia de alicante ya que se segregó de Albatera el 22 de mayo de 1.993.
El término se asienta sobre una antigua zona húmeda conocida como El Saladar sobre el que edidicó su proyecto de Pias Fundaciones el Cardenal Belluga. En 1.939, gracias a una ley de colonización de zonas semipantanosas, se inició un proyect de colonización en lo que hoy es San Isidro. Este proyecto culminó en 1.956 con la entrega a los colonos de un pueblo sin peligro de pantanos y conectado al Trasvase Tajo-Segura lo que permitía crear zonas de regadío en el mismo.
San Isidro es un pueblo curioso con sus casas blancas en calles perfectamente uniformadas y regulares. Su economía es típicamente agraría, de regadío, aunque tiene cierta importancia su cabaña ganadera.
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